Á fundi bæjarstjórnar Reykjavíkur 27. apríl 1859 var gerð svofelld ályktun:
„Þar sem organisti P. Guðjohnsen sækir nú um brauð, og æskilegt er að orgelspilinu í dómkirkjunni gæti engu að síður orðið haldið áfram, en enginn kann að spila á það hér annar, var viðtekið að skrifa Stiftamtinu og beiðast samþykkis þess til að 100 rd. mætti bæta við öflun þessa árs, til þess að borga Guðjohnsen fyrir að kenna einhverjum orgelspil, sem síðar gæti tekið að sér organista þjónustuna. Það er sjálfsagt, að þessir 100 rd. verði ekki brúkaðir nema því aðeins að hæfileg persóna fáist til að læra þá umræddu list.“
Á næsta fundi bæjarstjórnar 5. maí sama ár, er lagt fram bréf Stiftamtsins, dags. 30. apríl, þar sem tilkynnt er, að það hafi samþykkt þá tillögu bæjarstjórnar, að bætt verði 100 rd. við fjárhagsáætlun bæjarins, til að borga organista Guðjohnsen fyrir að kenna manni orgelspil, en þó með því skilyrði, „að það takist að finna persónu, sem hæfileg væri til að læra íþróttina á þeim stutta tíma, sem nú er um að gjöra, og fús til að takast starfið á hendur“. Í fundargerðinni er tekið fram, að tekist hefur að finna hæfa persónu til að læra íþróttina, en það er skólapilturinn Steinn Steinsen. Síðan var um það rætt á fundinum, hvort þessi skólapiltur gæti á þeim stutta tíma, sem væri að ræða, lært íþróttina svo vel, „að hann verði fær um að halda uppi orgelspili við embættisgjörðir í kirkjunni.“ Meiri hluti bæjarfulltrúanna taldi það hæpið, og væri þá þessum peningum til einskis varið, og mætti þá álíta, að skilyrðinu í bréfi Stiftamtsins hefði ekki verið fullnægt. Þeir vildu því fella í burtu þessa viðbót við fjárhagsáætlunina. En minni hlutinn, bæjarfógetinn og tveir aðrir fulltrúar, voru aftur á móti á annarri skoðun. Þeir héldu því fram, að „þó ekki væri vissa fyrir því að tíminn mundi hrökkva til, að St. Steinsen yrði fullnuma, væri þó gild ástæða til að verja þessari umræddu upphæð, til þess að gert væri það, sem orðið gæti til að halda áfram orgelspilinu í kirkjunni.“ Áður en frekara var ákveðið í þessu efni, samþykkti fundurinn „að skrifa organista Guðjohnsen og beiðast skýrslu hans um, hvort hann álíti, að skólapiltur St. Steinsen muni, með þeim tíma, sem hann til þess getur varið og þeirri kennslu, sem hann getur notið, geta lært þá umræddu íþrótt áður en Guðjohnsen færi héðan, þannig að hann verði fær um að halda uppi eftir orgelspili við embættisgjörðir í kirkjunni.“
Steinn Steinsen, sá skólapiltur sem hér er átt við, var fæddur í Reykjavík 4. apríl 1838 og dó í Reykjavík 27. júlí 1883, 45 ára gamall. Hann varð cand. theol. Prsk. 1861. Hann varð fyrst aðstoðarprestur séra Halldórs Jónssonar að Hofi í Vopnafirði, síðar veittur Hjaltabakki 1862, Hvammur í Hvammssveit 1879 og Árnes 1881. Hann var kvæntur Wilhelmine Cathrine, dóttur Moritz Wilhelm Biering kaupmanns í Reykjavík. Af sjö börnum þeirra er Halldór læknir yngstur (f. 1873).
Á bæjarstjórnarfundi síðar í sama mánuði, 27. maí, tilkynnir bæjarfógetinn, að stiftamtmaðurinn hafi tjáð honum, „að Vestmannaeyjaprestakall, sem organisti Guðjohnsen sækir um, verði ekki veitt fyrr en næsta ár og að Guðjohnsen þannig ekki muni í öllu falli fara héðan fyrr en þá, ef hann fær brauðið“. Að fengnum þessum upplýsingum var 1jóst, að ekki var víst, að Pétur Guðjohnsen fengi brauðið, þótt sótt hafi um það. Síðan var samþykkt að greiða honum fyrir þá kennslu, sem hann hafði þegar veitt skólapilti Steini Steinsen, en þeirri kennslu skyldi hætt nú þegar.
Margt fróðlegt og skemmtilegt fleira er um þetta mál í fundarbókum bæjarstjórnar, sérstaklega á fundi 8. október 1860, sem var jafnframt almennur borgarafundur. Sá fundur hafði verið boðaður með auglýsingu 29. september, sem „hangið hefur á venjulegum stað hér í bænum, og sömuleiðis með bumbuslætti á götum bæjarins í dag.“ Fundarmenn óskuðu eftir, að ekki yrði litið á fundinn sem borgarafund, heldur sem almennan safnaðarfund, þar eð mál þetta væri almennt safnaðarmál. Ályktanir fundarins voru allar samþykktar í einu hljóði, en þær eru í stuttu máli Þessar:
Að nauðsynlegt og æskilegt sé, að orgelspilið og allur söngur við guðsþjónustur geti fengið fast og stöðugt fyrirkomulag, svo ekki þurfi framvegis að óttast hneyksli og vandræði.
Að sanngjarnt þætti, að organistinn hefði föst laun 200 rd.
Að fyrir þessi laun sé organistanum skylt að spila á orgelið og stjórna kirkjusöngnum á öllum helgum dögum. Ennfremur sé honum skylt sem forsöngvara að svara presti við öll prestverk við hina almennu guðsþjónustu og biskupi við prestvígslur. Loks skyldi organistinn skyldugur að kenna hæfum manni að leika á orgelið, ef réttir aðilar óska þess, enda fái hann greidda sérstaka þóknun fyrir það starf eftir sanngjörnu samkomulagi.
Pétur Guðjohnsen átti einnig í deilum útaf launum sínum fyrir tónkennsluna í Prestaskólanum, en tón kenndi hann þar einn tíma í viku, báðum deildum í einu, frá 1850 til dauðadags. Haustið 1855 gerði hann verkfall og kenndi þá a.m.k. ekkihaustmisserið. Forstöðumaður skólans ritaði þá yfirstjórn skólans bréf og bað hann sjá um, að slíkt kæmi ekki fyrir aftur, en hann taldi þó sanngjarnt, að Pétur fengi sómasamlega borgun fyrir tónkennsluna. Deilan stóð um það, að yfirstjórn skólans leit svo á, að laun fyrir tónkennsluna í Prestaskólanum væri innifalin í launum fyrir söngkennsluna í Latínuskólanum. Pétur fékk þá lítilsháttar launaviðbót (20 rd). Sjö árum seinna fer Pétur enn fram á launahækkun, en fékk þá enga úrlausn. Loks árið 1875 rættist úr þessu launamáli þannig, að laun hans fyrir söngkennslu í báðum skólunum og fyrir organistastarfið við dómkirkjuna voru hækkuð upp í 800 kr., og þótti það höfðinglega borgað.
Nú verður sagt frá orgelmálinu svonefnda, sem var til umræðu á bæjarstjórnarfundi 10. október 1859 en það mál spannst útaf því, að orgelið bilaði, svo að ekki varð á það leikið. Nokkrum dögum fyrir fundinn birtist grein sú um orgelmálið í Þjóðólfi (30. sept.), sem hér fer á eftir, en tekið skal fram, að ritstjórinn, Jón Guðmundsson, og Pétur Guðjohnsen voru engir vinir. Greinin er þannig:
Orgelið í dómkirkjunni; hvað líður því, segja menn? Það hefur ekki heyrst til þess í dómkirkjunni síðan á Trinitates, og utan kirkju hefur heldur ekki heyrst neitt um það, annað, en það væri bilað, svo að ekki yrði á það leikið; og hvað meira? Kirkjuverjarinn ritaði strax stiptamtinu, að orgelið væri bilað, og dottið úr leik; en menn vita ekki meira um þetta, að orgelið er bilað, að ekkert hefur verið skipt sér að því nú í fullar 18 vikur, hvort hér væri reynandi að gjöra að biluninni, eða ganga úr skugga um, að það yrði ekki, og yrði því að senda það út til aðgjörðar; hafa svo 3 póstskipaferðirnar síðan verið látnar ónotaðar héðan til Hafnar, og hefði mátt senda orgelið með til aðgerðar, ef hér varð eigi; og enn í dag vita menn ekki til, að neitt spor sé stigið til þess að ganga úr skugga hér um, svo orgelið yrði sent með næstu ferð, ef þess þarf, og eigi verður hér lagfært. Við vitum eigi, hverjum á að eigna þetta afskiptaleysi, stiptamtinu, sem hefur æðstu umsjón á hendi með dómkirkjunni og skrúða hennar og gripum, þar sem þó kirkjuráðandinn er fyrir löngu búinn að tjá frá þessu, eða organistanum meðfram, því eigi virðist honum vera óskylt þetta mál eða að hann megi láta það með öllu afskiptalaust, þar sem hann hefur ákveðin laun fyrir orgelspilið; en sízt er almenningi láandi, þó menn uni illa þessu afskiptaleysi. Það virðist liggja beint við, að stiptamtið legði sem fyrst fyrir organistann, og svo hefði átt að gjöra undir eins og bilunin varð augljós, að kveðja með sér 1 eða 2 af hinum hagsýnu trésmiðum bæjarins, skoða bilunina, reyna að gjöra að henni, eða ganga úr skugga um að því yrði ekki hér við komið, svo að orgelið mætti því senda til aðgjörðar utanlands, með næstu gufuskipaferð.
Á fyrrnefndum bæjarstjórnarfundi 10. okt. 1859 var svo orgelmálið rætt. Það spaugilega við það mál er, að hvorki Reykjavíkurbær né kirkjan vildi kannast við eignrétt sinn á orgelinu og var viðgerðarkostnaðurinn ástæðan. Bæjarstjórnin gerði á fundinum eftirfarandi ályktun: „Hvað hið síðarnefnda málefni (þ.e. orgelmálið) áhrærir, þá var öll bæjarstjórnin á því máli, að þeim virðist engin ástæða til að fallast á þá skoðun Stiptamtsins, að orgelið væri eign Reykjavíkurbæjar, því þeim þótti ekkert efamál, að það væri að álíta sem eign kirkjunnar eins og hver annar hlutur, sem brúkaður væri til guðsþjónustunnar, og ætti því að viðhalda á sama máta og kirkjan sjálf fyrir opinberan reikning.“ Þessi skilningur bæjarstjórnarinnar á orgelinu er eðlilegur og hefur síðan verið viðurkenndur.
Orgelið kom í dómkirkjuna 1840 og er það söngsögulegur viðburður. Það var notað fram að 1877, meðan Pétur Guðjohnsen lifði, en svo rifið vegna bilunar, og var þá látið harmonium í kirkjuna, og þótti það viðbrigði og því sagði Gröndal í „Reykjavík um aldamótin“:„Þá er kirkjan var byggð, var sett í hana orgel, sem henni þótti hæfa sem dómkirkju; það var uppi yfir framdyrunum og gagnvart altarinu; þar lék Pétur , og hafði hann lært orgelspil í Danmörku; en eftir lát hans var ekki leikið á orgelið, og því enginn gaumur gefinn, og skemmdist það meir og meir, hefur kannski líka verið farið að bila, en engum duttu orð í hug, sem heitir „eftirlit“ og „aðgerð“; var síðan og er enn (um 1900) leikið á harmonium í kirkjunni, og þykir það nóg; – og hver veit, nema einhvern tíma komi harmonikka.“
Jónas Helgason lék á harmoníum í dómkirkjunni, en árið 1903 kom pípuorgel í kirkjuna, sem dómkirkjuorganistarnir Brynjólfur Þorláksson og síðan Sigfús Einarsson léku á, en hið mikla og vandaða pípuorgel, sem nú er þar kom í kirkjuna 1934.